Em 1991 o arquiteto Chico Morais realizou um dos primeiros ralis Cross-country do país, e o maior até então. O Rally do São Franciscoe ligou a cidade de Ribeirão Preto, no interior paulista, com Maceió (AL), seguindo o percurso do "Velho Chico". A idéia surgiu após uma viagem em solitário do arquiteto pelo interior do país, história que já virou livro.

Dois anos depois do sucesso da primeira edição, em 1993 a prova mudou de nome e formato. Era o nascimento do Rally dos Sertões, desta vez partindo de Campos do Jordão (SP) até Natal (RN) e, assim como nas próximas duas edições, apenas motos participaram. Naquele ano, 34 competidores largaram na prova de 3.500 quilômetros.

A entrada dos carros aconteceu em 1995, ano em que a prova também entrou no calendário da Federação Internacional de Motociclismo (FIM). Um ano depois o rali passou a ser organizado pela Dunas Race, com largada no Estado de São Paulo e chegada em Fortaleza (CE).

Em 1999 os caminhões também foram incluídos na competição, e nos anos seguintes o evento ganhou novas proporções, atraindo cada vez mais competidores, mídia e empresas.

Até em 2008 entrar também para o calendário mundial de Rally Cross-country da Federação Internacional de Automobilismo (FIA), atraindo a elite do rali mundial da época.

Porém, incompatibilidades de regulamento, que prejudicavam competidores nacionais fizeram a organização do Rally dos Sertões optar pela retirada do campeonato mundial de motos para a edição 2011 - nos carros e caminhões o rali já não faz parte do mundial desde 2009. A 19ª edição do maior rali do país - e o segundo maior do mundo - tem o percurso de Goiânia (GO) até Fortaleza (CE), e acontece de 9 à 19 de agosto.